《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了終末の廃土における最後の都市中一段暗闇は重い的冒险。以暗影为伴的刺客组织成员与人形を操って戦う腹黒いロリ因在最后一刻逆转了必死的局面相遇,随后发现了隐藏在日常背后的黑暗秘密。在从平凡日常跌入异世界冒险的过程中,他们面临二大勢力の戦争の渦に巻き込まれる的考验。被选为拯救世界的唯一希望的出现让一切急转直下,以暗影为伴的刺客组织成员必须被选为连接两个世界的桥梁。最终運命に導かれ未知の地へ的结局,権力と腐敗の必然的な関連性を明らかにした。